愛媛県南予地域に接する宇和海は、リアス式海岸を有する複雑な地形を持ち、水深が深く黒潮からの潮の流入が起こる、魚介類の養殖に最適な環境です。さらに、サンゴを育む清浄な海は風光明媚で、足摺宇和海国立公園の海中公園にも指定されています。環境科学研究部門では、このすばらしい環境を守りながら持続的に水産業に利用していくための研究を進めています。現在、赤潮や魚病による被害を抑え、養殖産業へ貢献する「赤潮・魚病対策に関する研究」、地域の環境を活かした「資源・環境の保全と産業創出」に関する研究開発や教育に関する取り組みを進めています。
沿岸環境調査および水域情報システムに関する研究
沿岸環境に関する研究
愛南町養殖海域の生物・科学的調査
愛南町海域の沿岸生態と環境に関する研究
ヒジキ養殖の食害に関する研究
底生生物解析とそれを用いた漁場環境改善技術の開発
水域情報システムの高度化と赤潮・魚病対策に関する研究
赤潮・貝毒プランクトンの高感度モニタリングと発生機構の解析
魚病病原体の高感度モニタリング方法の確立と“魚病注意報・警報”システムの構築（愛媛県、愛南町、愛南漁協、水研センター、愛媛大CMES等）
ICT等の情報通信システムの高度化に関する研究（愛媛大工学部等）
魚類の餌止めに伴う生理変化と赤潮・魚病への効果に関する研究
DNA鑑定手法の放流、養殖への応用と繁殖様式の解明
放流生物の追跡、放流効果の把握および管理に関する研究
養殖における異常種苗の発生要因の推定と排除法の開発
育種系統の選抜と管理に関する研究
集団産卵および複数父性生物の繁殖様式の推定
野生魚の遺伝的多様性の管理に関する研究
地域教育活動との連携
えひめ愛南お魚図鑑”の活用（魚類調査・ぎょしょく教育）
水生生物の教材としての活用法の検討